Tradícia uctievania Panny Márie v Levoči môže byť stará ako samotné mesto. Siaha do dôb tatárskych vpádov v 13. storočí, keď sa obyvatelia uchyľovali pred nebezpečenstvom na vrch nad mestom. Tu sa ľahšie ubránili pred hordami Tatárov. Z vďaky za ochranu tu Panne Márii postavili malú kaplnku. Prvý kostolík na pútnickom mieste sa spomína v kronikách už v roku 1247. V prameňoch sa udáva, že kostolík bol postavený na Olivovej hore (Oelberg). Vrch s týmto pomenovaním sa vypínal vo vzdialenosti asi dva kilometre od mesta v nadmorskej výške 795 m. Od roku 1311 sa začal pre tento vrch používať názov Mariánska hora. V tom čase už bola v kostole socha alebo obraz Panny Márie. Nie sú však z toho obdobia zachované písomné doklady o tom, ako bola úcta k Panne Márii rozšírená. Zvláštny záujem o toto miesto a kostolík u Levočanov potvrdzuje fakt, že už v roku 1322 bol kostol opravovaný. Podľa kanonickej vizitácie z toho obdobia vieme, že sa na hore začal oficiálny kult Panny Márie. Ten trvá do dnešných dní, teda viac ako 700 rokov. Nakoľko počet pútnikov narastal, kostolík vo svojom pôvodnom stave už nestačil.
V druhej polovici 15. storočia bola vykonaná prestavba kostola – kostol bol zväčšený a čiastočne prestavaný. Kostol na Mariánskej hore bol vystavený nepriaznivým poveternostným vplyvom. Do dejín vstúpila reformácia. Mesto Levoča so svojim nemeckým obyvateľstvom sa stalo oporou reformácie. Obyvateľstvo postupne odpadlo od katolicizmu. Náboženský život upadol, o kostol na Mariánskej hore sa nemal kto starať. Postupne chátral, preto ho z bezpečnostných dôvodov museli zbúrať. Z toho dôvodu púte slabli, aj keď celkom neprestávali.
Pomery v Uhorsku v 16. storočí boli zložité. Turci neprestali vo svojich útokoch na územia dnešného južného a stredného Slovenska. Na rôznych miestach Uhorska vznikali vzbury a povstania. Situáciu komplikoval mor, ktorý Levoču zasiahol až šesť krát. Niet preto divu, že sa v tejto situácii katolícky ľud stredného Spiša utiekal k Panne Márii a u nej hľadal oporu. Aj keď mestský magistrát Levoče pod trestom peňažnej pokuty bránil a zakazoval púte na Mariánsku horu, okľukami a ťažkými horskými cestami prichádzali pútnici, aby si uctievali Matku Božiu a vyprosovali si u nej pomoc a ochranu.
Začiatkom 70. rokov 17. storočia sa začala na Spiši rekatolizácia. Kostol minoritov v Levoči bol vrátený katolíkom v roku 1673. V tomto roku sa 2. júla konala slávnostná procesia z tohto kostola na Mariánsku horu za účasti asi 2000 veriacich. V roku 1698 dal poškodený kostol na Mariánskej hore od základov prebudovať vtedajší levočský farár Štefan Györfly. V 18. storočí sa počet pútnikov postupne zväčšoval, púte sa rozrastali. Počet pútnikov nielen zo Spiša, ale aj z Liptova, Gemera, ba aj z Poľska a Maďarska bol okolo 30 000. V roku 1787 sa na základe obmedzení, ktoré nariadil cisár Jozef II. zatvoril kostol na Mariánskej hore, socha Panny Márie bola prenesená do farského kostola sv. Jakuba v Levoči. Púte na Mariánsku horu sa obnovili až na sviatok Ružencovej Panny Márie 1. októbra 1809. Od tých čias sa púte z roka na rok konali vždy na sviatok Navštívenia Panny Márie (2. júla).
O desať rokov neskôr, v roku 1819 pristúpili k prestavbe kostola. Slávnostná vysviacka prestavaného kostola bola 2. júla 1820 za účasti veľkého počtu pútnikov. Zariaďovanie interiéru kostola bolo pre nedostatok peňazí zdĺhavé. Pretože na Mariánsku horu do Levoče prichádzali aj pútnici gréckokatolíckeho obradu, v priestore za kostolom bola postavená a s dovolením gréckokatolíckeho biskupa Jozefa Gaganca z Prešova dňa 2. júla 1858 posvätená gréckokatolícka kaplnka.
Koncom 19. storočia už kostol svojou dispozíciou nevyhovoval takému počtu pútnikov, ktorí toto miesto navštevovali. Ujala sa všeobecná mienka, že kostol je veľmi skromným stánkom na uctievanie nebeskej Matky. Začali sa podnikať kroky na stavbu nového, veľkého kostola. Začal sa pripravovať projekt kostola podľa vzoru chrámu v Lurdoch. Po roku 1896 levočský farár Celestin Kompanyik zverejnil zámer postaviť na Mariánskej hore nový dôstojný stánok Bohorodičke. Myšlienka bola prijatá, na stavbu prichádzali milodary z celého Slovenska. Dňa 2. júla 1903 bol slávnostne položený základný kameň kostola. Výstavba bola sprevádzaná rôznymi, predovšetkým technickými, ale aj finančnými ťažkosťami. Dňa 16. októbra 1908 o tretej hodine ráno sa zrútila veža kostola, so sebou strhla aj okolité múry. Hlavný organizátor výstavby, farár Celestín Kompanyik dňa 22. mája 1919 zomrel, starosť o výstavbu prevzal nový levočský farár Jozef Kršák.
Slávnostná posviacka nového chrámu sa konala 2. júla 1922 za účasti veľkého počtu veriacich. Posviacku vykonal spišský biskup Ján Vojtaššák. Kostol je neogotická krížová stavba, postavená podľa projektu Antona Müllera. Pozdĺžna loď je široká 27 m, krížna 16 m. Kostol je dlhý 42,5 m. Na hlavnom oltári v bazilike na Mariánskej hore je perlou a klenotom milostivá socha Panny Márie. Pochádza z polovice 15. storočia od neznámeho autora. Je 148 cm vysoká. Na základe prísneho vyšetrovania sa zistilo, že na orodovanie Panny Márie na Levočskej hore sa stali udalosti, ktoré majú charakter zázrakov. Jágerský biskup Juraj Bársony vyhlásil túto sochu v roku 1761 za milostivú. To isté neskôr potvrdil spišský biskup Michal Brigido. Dňa 2. júla 1900 bola socha slávnostne korunovaná.
Zlatú korunu darovali Košičania pod vedením košického dominikána – kňaza Rafaela Lakosila. Z Košíc ju priniesli v slávnostnom sprievode stotridsiatich dievčat – družičiek a veľkého počtu veriacich. Významná bola púť v roku 1947, počas ktorej priniesli pútnici na vlastných pleciach ťažké kríže ako znamenie pokánia. Za prítomnosti asi 130 tisíc pútnikov spišský biskup Ján Vojtaššák slávnostne zasvätil Spišskú diecézu Nepoškvrnenému Srdcu Preblahoslavenej Panny Márie na znak vďaky, že Slovensko bolo v druhej svetovej vojne vcelku zachránené od zničenia a vojnových hrôz.
Vysoké počty pútnikov, ktoré prichádzali a aj dnes prichádzajú na Mariánsku horu do Levoče nielen zo Slovenska, ale aj zo zahraničia, svedčia o tom, že táto svätyňa má charakter nadnárodnej svätyne patriacej medzi 20 najväčších európskych pútnických miest.
Dňa 26. januára 1984 povýšil Svätý Otec Ján Pavol II. pútnický kostol na Mariánskej hore v Levoči na baziliku minor. V Apoštolskom breve Jána Pavla II. sa okrem iného uvádza: „…My z dôvodu starobylosti tohto svätého chrámu, ako aj pre jeho jedinečnú históriu a súčasne pre vzrast viery a náboženstva slovenského národa… rozhodujeme teda, že kostol či Svätyňu Navštívenia blahoslavenej Panny Márie… treba zahrnúť do počtu menších bazilík s právami a liturgickými povoleniami… Modlíme sa, aby tento akt slúžil ako na svätosť pastierov, ako aj na úžitok ľudu…“.
Nedá sa na tomto mieste nespomenúť výnimočnú udalosť, ktorá sa na pútnickom mieste v Levoči odohrala v pondelok 3. júla 1995. Za zvukov slávnostných fanfár a piesne „Celá krásna si Mária“ vystúpil na oltárne miesto pod Mariánskou horou najvzácnejší pútnik – pápež Ján Pavol II. Spolu s ním vyše 750 kňazov a viac ako 700 tisíc pútnikov.
